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【RDkit】データベースから化合物の構造情報を取得し描画する方法[Python]
RDkit 前回、PythonのRDkitで化合物の分子構造を描画する方法を紹介しました。 今回はデータベースから化合物の構造情報を取得し描画する方法を紹介します。 前回学んだ通り、自分で化合物の構造情報を作り、描画するのは普段から使っていないとだいぶ難し... -
【RDkit】化合物の分子構造を描画する方法[Python]
RDkit 前回、PythonのNumPyでndarrayの要素をソートするsort関数を紹介しました。 今回は化合物を扱うためのライブラリです。 化合物を取り扱う研究者にとって面倒なのがパワーポイントなどで化合物の分子構造を見せること。 一つの化合物でもいくつか描き... -
【Biopython】2本の遺伝子やタンパク質の配列間の比較（ペアワイズアライメント）[Python]
Biopython 前回、Biopythonでコドン表の表示と各生物のコドン表を使った翻訳方法を紹介しました。 今回は2本の遺伝子やタンパク質の配列を比較するペアワイズアライメントの方法を紹介します。 色々みていくうちに「Alignモジュール」を使う方法と「pairwa... -
【Biopython】コドン表の表示と各生物のコドン表を使った翻訳方法[Python]
Biopython 前回、Biopythonで相補鎖、反転配列、逆相補鎖、転写前後の配列、翻訳後の配列の取得方法を紹介しました。 今回はコドン表の表示と各生物のコドン表を使った翻訳方法を紹介します。 それでは始めていきましょう。 コドン表の表示 コドン表を表示... -
【Biopython】相補鎖、反転配列、逆相補鎖、転写前後の配列、翻訳後の配列の取得方法[Python]
Biopython 前回、Biopythonで配列ファイル（fasta、embl）の読み込みとデータの取得方法を紹介しました。 今回は相補鎖、反転配列、逆相補鎖、転写前後の配列、翻訳後の配列の取得方法を紹介します。 それでは始めていきましょう。 相補鎖、反転配列、逆相... -
【Biopython】配列ファイル（fasta、embl）の読み込みとデータの取得方法[Python]
Biopython 前回、バイオインフォマティクス用ライブラリBiopythonのインストールと配列の取り扱い方法を紹介しました。 今回はfasta形式とembl形式のファイルの読み込みとデータ取得の方法を紹介します。 それでは始めていきましょう。 Uniprotでの配列デ... -
【Biopython】バイオインフォマティクス用ライブラリBiopythonのインストールと配列の取り扱い[Python]
Biopython 前回、openCVで顔、笑顔、目を検出する方法を紹介しました。 今回からは一応大きな括りでは専門分野であるバイオ系のライブラリ「Biopython」を紹介していきます。 ただバイオ系の研究者ではあるものの、バイオインフォマティクスの研究者ではな...
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