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Biopython
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今回は相補鎖、反転配列、逆相補鎖、転写前後の配列、翻訳後の配列の取得方法を紹介します。
それでは始めていきましょう。
相補鎖、反転配列、逆相補鎖の取得
まずは相補鎖、反転配列、逆相補鎖を取得していきます。
相補鎖、逆相補鎖は関数があり、それぞれ「配列.complement()」と「配列.reverse_complement()」で取得できます。
反転配列には関数はありませんが、文字列を反転させる「文字列[::-1]」を使うと反転させることができます。
from Bio.Seq import Seq
DNA_seq = Seq("GGATCCGAATTCTAA")
DNA_seq_reverse = DNA_seq[::-1]
print(DNA_seq)
print(DNA_seq.complement())
print("")
print(DNA_seq_reverse)
print(DNA_seq.reverse_complement())
実行結果
GGATCCGAATTC
CCTAGGCTTAAG
CTTAAGCCTAGG
GAATTCGGATCC転写前後の配列
次に転写前後の配列を取得してみましょう。
DNAからRNAへ転写した配列を取得するには「配列.transcribe()」を用います。
from Bio.Seq import Seq
DNA_seq = Seq("GGATCCGAATTCTAA")
print(DNA_seq.transcribe())
実行結果
GGAUCCGAAUUC逆にRNAからDNAへ逆転写した配列を取得する場合は「配列.back_transcibe()」を用います。
from Bio.Seq import Seq
RNA_seq = Seq("GGAUCCGAAUUCUAA")
print(RNA_seq.back_transcribe())
実行結果
GGAUCCGAAUUC
GGATCCGAATTC翻訳後の配列
DNAからタンパク質へと翻訳した配列を取得するには、「配列.translate()」を用います。
from Bio.Seq import Seq
DNA_seq = Seq("GGATCCGAATTCTAA")
print(DNA_seq.translate())
実行結果
GSEF*RNAからタンパク質でも同じ「配列.translate()」で翻訳できます。
from Bio.Seq import Seq
RNA_seq = Seq("GGAUCCGAAUUCUAA")
print(RNA_seq.translate())
実行結果
GSEFちなみにタンパク質からDNA、RNAへと変換する関数はありませんのでご注意ください。
次回は各生物のコドン表の表示と特定生物のコドン表を使って翻訳する方法を紹介します。
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ではでは今回はこんな感じで。
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